Czernica należy do najstarszych wsi Gór Kaczawskich, była też jedną z największych posiadłości rycerskich.
Powstała prawdopodobnie w II połowie XIII wieku, bowiem na ten okres datowane są najstarsze fragmenty kościoła, zachowała się też wzmianka, że w 1273 rok wieś lokowano. Z około 1305 roku pochodzi informacja o istnieniu kościoła, a w 1396 roku wymieniono proboszcza Srekowicza. W XV wieku w Czernicy i okolicy prowadzono poszukiwania złota i srebra, ale niewiele wiadomo o ich efektach. Apogeum poszukiwań przypadło na około 1470 rok, a więc mniej więcej w tym samym czasie co w pobliskim Jeżowie Sudeckim i Dziwiszowie. O możliwości występowania tu złota wspomniał też w swoim dziele Kasper Schwenckfeldt. Wieś leżała w kasztelanii wleńskiej, ale od początku stanowiła własność prywatną. Jej właściciele zmieniali się dość często, ale zawsze należeli do czołowych śląskich rodów.
W XIV wieku Czernica była własnością von Kittlitza, potem von Zedlitzów, a następnie von Schaffgotschów, którzy wznieśli tu w 1543 roku nawodny dwór obronny. Być może wykorzystali jakąś starszą budowlę,

ponieważ w wielu źródłach mowa jest o początku dworu-zameczku odnoszącym się do XIV wieku. W 1552 roku urodził się w nim jeden z największych przedstawicieli rodu, Christoph, do którego należała większość Kotliny Jeleniogórskiej, Karkonoszy i Gór Izerskich, a także inne posiadłości. Już wtedy wieś była silnym ośrodkiem protestantyzmu.

Ewangelicy w 1542 roku przejęli kościół parafialny. Często przytaczano w opisach fakt odbycia w dworze sławnej dysputy teologicznej pomiędzy głośnym wówczas pastorem Mathiasem Flaciusem Illyricusem z Magdeburga (Wittenbergi) a Jacobem Colerusem z Zagrodna, wspieranym przez okolicznych pastorów. Przedmiotem dysputy był grzech pierworodny a wolna wola człowieka. Odbyła się ona 12.05.1574 roku, a poprzedziła ją dysputa na Wleńskim Gródku. Na przełomie XVI/XVII w. Czernica musiała być jednym z najbogatszych majątków w okolicy, świadczy o tym m. in. zachowane wyposażenie kościoła i przebudowanego dworu, który stał się właściwie zamkiem.
Od 1598 roku wieś stanowiła własność i siedzibę rodową von Lestów. Niestety okres wojny 30-letniej przyniósł Czernicy znaczne straty. Najpierw w 1622 roku przeciągały tędy oddz. Lisowczyków w drodze z Jeleniej Góry pod Lwówek. Liczyły rzekomo 8.000 tys. żołnierzy i ciurów. Kroniki przytaczają fakt, że podobno aż 7 tygodni bronił się przed nimi we dworze von Lest, wspólnie z Heinrichem von Spillerem z Pasiecznika. Prawdopodobnie dwór oblegał jakiś mniejszy oddział, ale i tak musiała to być silnie obronna budowla. Wkrótce potem do wsi dotarł z oddziałem wojsk cesarskich hrabia von Dohna, któremu von Lest musiał zapłacić 3.000 talarów okupu za odstąpienie od zniszczenia dworu. Po zakończeniu wojny 30-letniej dobra pozostały w rękach von Lestów. W 1654 roku miała miejsce tzw. redukcja kościelna, tzn. zwrócono go katolikom. Znana tragedia rozegrała się we dworze 30.04.1672 roku, gdy podczas pijackiej sprzeczki Oswald von Lest zabił swojego brata Nicolausa. Po tym morderstwie uciekł do Saksonii, ale po 3 latach wrócił i po uiszczeniu grzywny w wysokości 1.000 dukatów i podobno postawieniu bratu pomnika na Czyżyku, ponownie objął majątek. Dalsze dzieje posiadłości są także burzliwe, chociaż już nie tak tragiczne. Nadal często zmieniali się właściciele. Kolejnymi byli von Dobschűtzowie, von Glaubitzowie, wreszcie w XVIII wieku von Festenberg-Packisch, który miał już sąsiednią Bystrzycę. Wieś chyba od końca XVII wieku dzieliła się na Czernicę Górną i Dolną, ale początkowo obie części pozostawały w tych samych rękach. W 1726 roku z majątku płacono 1.875 talarów podatku, a chłopi dodatkowo 1.124 talary. W latach 1743-44 wzniesiono kościół ewangelicki. Do parafii należały Płoszczyna i Nielestno, a formalnie także – Strzyżowiec. W 1756 roku zbudowano kantorówkę. Około połowy XVIII wieku posiadłości rozdzieliły się i w 1756 roku majątkiem w Czernicy Górnej, którego wartość szacowano aż na 23.992 talary, władał von Schweiniz. Mieszkało tu 26 kmieci, 17 zagrodników i 86 chałupników, wśród nich 22 rzemieślników. Z kolei Czernicę Dolną posiadał hrabia von Kottulinsky. Jej wartość szacowano na 8.447 talarów, mieszkało w tej części 18 kmieci, 9 zagrodników i 79 chałupników, wśród nich 7 rzemieślników. Wieś stanowiła wówczas ośrodek włókiennictwa chałupniczego.
Były to więc ludne, bogate posiadłości, połączone zresztą z sąsiednimi majątkami w duże klucze. W 1780 roku zbudowano we wsi szkołę ewangelicką. W 1786 roku właścicielką Czernicy Górnej była pani von Schweiniz, właściciel Czernicy Dolnej pozostawał ten sam. W Czernicy wymieniano wówczas 2 kościoły, 2 plebanie i 2 szkoły (katolicką i ewangelicką). W Czernicy Górnej były ponadto 2 folwarki, 2 młyny wodne, a mieszkało 28 kmieci, 22 zagrodników i 81 chałupników. Natomiast w Czernicy Dolnej był młyn wodny, a mieszkało 18 kmieci, 9 zagrodników i 60 chałupników. W 1787 roku Czernica Górna drogą dziedziczenia dostała się w ręce von Förstersów.
W początkach XIX wieku w całej wsi mieszkało 16 kmieci, 86 zagrodników i 18 chałupników. W 1825 roku Czernica Dolna należała do hr. Theresy von Hoyos ( z domu von Schlabrendorf). Było tu 89 domów, szkoła ewangelicka z nauczycielem i młyn wodny. Czernica Górna należała do W. Ernesta Ferdinanda von Ferstera. Były tu 142 domy, dwór (zwany starym zamkiem) i pałac z folwarkiem, 2 kościoły, 2 szkoły( tylko ewangelickie ze stałym nauczycielem), 2 młyny wodne i wapiennik. W 1840 roku właścicielką Czernicy Dolnej pozostawała hr. Theresa von Hoyos und Sprinzenstein. Wymieniono tam 87 domów, szkołę ewangelicką, wapiennik, 2 gospody, kamieniołom piaskowca, w którym wyrabiano kamienie młyńskie o wartości 24 talarów. Wśród mieszkańców było 165 prządków i 13 rzemieślników. Właścicielem Czernicy Górnej był mjr Ernest Friedrich von Förster z Iwin koło Bolesławca. W jego części były 144 domy, dwór i pałac ( zameczek) przy folwarku z owczarnią, w której trzymano 700 merynosów. Ponadto był kościół ewangelicki z pastorówką i szkoła, w której uczył nauczyciel i 2 pomocników nauczyciela, obsługujących szkoły filialne w Czernicy Dolnej i Płoszczynie. Była tez szkoła katolicka, nabożeństwa odbywały się tylko 4 razy w roku. Wymieniano ponadto 2 młyny wodne o 4 kołach, młyn o napędzie konnym, tartak, browar, gorzelnię i 5 gospód. Wśród mieszkańców było 170 prządków, 4 tkaczy płótna i 25 innych rzemieślników.
W 1861 roku dobra Czernicy Górnej nabył radca kameralny Leopold Schoeller von Dűrren. W 1863 roku jego majątek obejmował 1.230 morgów gruntu, a chłopi mieli 2.900 morgów, natomiast majątek w Czernicy Dolnej był nieobsadzony, chłopi w tej części mieli 1.800 morgów ziemi. W 1870 roku majątek tajnego radcy handlowego Leopolda Schöllera zu Dűrren bei Aachen obejmował 1.224 morgi i przynosił 1.633 talary rocznego dochodu. Właściciel tu nie mieszkał, rezydował jego pełnomocnik. Od 1892 roku majątkiem władała córka Adela, która wyszła za Friedricha von Klitzing-Schierokau.
W drugiej połowie XIX wieku wieś Czernica zyskała pewną popularność wśród turystów, bowiem przechodziła tędy trasa z Wlenia do Jeleniej Góry przez Jeżów Sudecki lub Siedlęcin. We wsi istniała gospoda. Turystów przyciągał kościół, szczególnie renesansowy ołtarz z około setką figur, a ponadto tzw. stary zamek, szczególnie po przebudowie w początkach XX wieku. W latach 1910-1911 dostawiono wieżę przy kościele ewangelickim. Jednak Czernica właściwie nigdy nie doczekała się należytej popularności. Wiele przewodników w ogóle nie zamieszczało informacji i opisów, wieś stała się też oficjalnym letniskiem.
Według niepotwierdzonych źródeł we wsi podobno w czasie II wojny światowej był mały obóz pracy. Pod koniec wojny, prawdopodobnie w 1944 roku, Niemcy ukryli w Czernicy duży zbiór muzykaliów (cenne instrumenty i nuty), które po wojnie przejęła Armia Czerwona. W pałacu i zabudowaniach folwarcznych ulokowano gospodarstwo państwowe, stanowiące potem filię PGR- u z Nielestna. Wieś zasiedlili repatrianci, częściowo osadnicy wojskowi. Już w 1947 roku powstał tu całkowicie amatorski teatr ludowy, który dał przedstawienie powtarzane potem w innych miejscowościach. Wznowił swoją działalność w 1957 roku i ponownie w 1964 roku. Była to bardzo oryginalna i nietypowa inicjatywa kulturalna. Jego działalność pozwoliła między innymi na wyposażenie miejscowej OSP. W latach 80-tych Czernica zasłynęła jeszcze bardzo oryginalną inicjatywą, założono tu pierwszy (i chyba jedyny) w kraju wiejski klub tańca towarzyskiego „Czertan”, którego twórcą był Józef Pałka. Fakt ten spopularyzował Czernicę w kraju.

Zmienne koleje przechodził pałac. Przez wiele lat mieścił się w nim ośrodek kolonijno-wczasowy. Potem w latach 70-tych przejęła go KW Milicji w Jeleniej Górze, a w stanie wojennym wykorzystywany był przez ZOMO. Dopiero przed kilku laty został sprzedany i jest obecnie siedzibą wielu firm. Wieś ma korzystne położenie i warunki glebowo-klimatyczne, co powoduje, że rozwija się, aczkolwiek liczba mieszkańców utrzymuje się stale poniżej stanu przedwojennego. Sporo domów odremontowano, pojawiają się i nowe, przystosowane do przyjmowania letników albo wznoszone jako letniskowe. Także mieszkańcy Jeleniej Góry zaczynają budować tu swoje siedziby. Rozwija się agroturystyka i placówki usługowe dla jej potrzeb. Ciągle jednak walory Czernicy nie są należycie wykorzystane. Jest to między innymi wynikiem tego, że pomijają ją znakowane szlaki turystyczne.

Kościół pod wezwaniem św. Michała Archanioła w Czernicy

Wczesnogotycki kościół parafialny pod wezwaniem św. Michała Archanioła jest jednym z najbardziej interesujących obiektów sakralnych byłego województwa jeleniogórskiego. Na szczególną uwagę zasługuje bardzo dobrze zachowane wyposażenie wnętrza. Kościół wzniesiono w końcu XIII wieku w stylu wczesnego gotyku. Z roku 1305 pochodzi wzmianka o wieży kościelnej, która została następnie przebudowana około 1520 roku i w XVIII wieku. Świątynia zachowała plan charakterystyczny dla wczesnośredniowiecznych kościołów wiejskich położonych w pobliżu Jeleniej Góry. Budowla jest orientowana ( wejście do kościoła znajduje się od strony południowej), jednonawowa, z dwuprzęsłowym prezbiterium, które przykrywa sklepienie krzyżowo-żebrowe, z gurtami spływającymi przyściennie, półcylindryczne kolumienki zwieńczone kapitelami o kielichowych formach, pokrytych listowiem dębu. Elementy swoją stylistyką tkwią jeszcze we wcześniejszej epoce romańskiej. W narożnikach prezbiterium występują służki wieloboczne, nadwieszone na ostrosłpowych wspornikach. Prostokątną nawę kościoła kryje strop kasetonowy. Wśród jej wczesnogotyckich elementów wymienić należy trzy portale. Najciekawszy znajduje się w ścianie północnej. Niektóre okna kościoła wypełniają późnogotyckie maswerki. W zakrystii zachowała się kamienny lawaterz ( umywalnia w zakrystii ). Przypory w prezbiterium zostały nakryte siodłowymi daszkami z płaskorzeźbionymi trójliśćmi w zwieńczeniach. Wnętrze kryje bardzo wartościowy zespół zabytków z czasów średniowiecza, ale przede wszystkim z okresu nowożytnego. W kruchcie północnej umieszczony jest późnogotycki krucyfiks , pochodzący z grupy Ukrzyżowania, umieszczonej na tak zwanej belce tęczowej, istniejącej niegdyś pod arkadą oddzielającą prezbiterium od nawy. Główny ołtarz został ufundowany przez właściciela wsi Lestów i zbudowany w latach 1605-1615 w stylu manierystycznym. Niezwykle bogaty w formy rzeźbiarskie i snycerskie, a także wymowę ikonologiczną, przedstawia między innymi dzieje zbawienia i odkupienia. Jego autorem jest śląski snycerz M.C. Adamus. Dekoracja ołtarza zawiera cały repertuar form typowych dla tego okresu, jak ornament zawijany, okuciowy, pilastry hermowe, główki aniołów i lwów. Plastyczność całości podkreślają kolumny, sterczyny i pilastry hermowe. Z 1615 roku pochodzi również manierystyczna ambona. Do czasów obecnych zachował się kosz kazalnicy z malowanymi postaciami ewangelistów i baldachimem. Wcześniejsza chrzcielnica, rzeźbiona w piaskowcu, posiada wykute na czaszy herby znanych śląskich rodów: von Lest, von Stosch, von Reibnitz i von Hochberg. Wystrój prezbiterium uzupełniają renesansowo-barokowe stalle i empora kolatorska, wykonana w formie balkonu umieszczonego na jednej ze ścian prezbiterium, w którym zasiadała rodzina właściciela wsi i donatorów koscioła. Zdobi ją dwanaście scen ze Starego Testamentu, wśród których wyróżniają się bardzo realistyczne akty Adama i Ewy, przedstawione na tle leśnego pejzażu. W prezbiterium zachowały się również renesansowe nagrobki Baltazara Schaffgotscha i jego żony Magdaleny. Kościół otoczony jest kamiennym murem. Stojący do niedawna przy drodze kościół ewangelicki wzniesiony został w 1744 roku na planie wydłużonego ośmiokątu z dostawioną w 1911 roku wieżą. Po kościele pozostała tylko wieża.